澄んだ清流に棲む淡水魚です。蛙のカジカガエルが鹿のような鳴き声で鳴くことに名を由来するのに対して、この魚のカジカは鹿の肉のように淡白で美味しいことから、その名が由来しているともされます。高水温に弱く、河畔林の伐採や温暖化で水温が上昇するといなくなってしまいます。また、石の隙間を棲家とするためコンクリートによる河川改修なども致命的です。
基本的に夜行性で、昼間は石の間に隠れていますが、夜になると川底に現れます。じっと餌を待ち伏せして、大きな口で獲物を丸呑みします。体は、石のある川底に溶け込む模様をしています。灰色から茶色まで、ベースの色は同じ個体でも背景に合わせて変化するようです。