ドジョウと並んで日本の美しい里山環境を象徴する魚ですね。古くから愛でられ、飼育下では多くの品種が存在します。水田や流れの緩やかな水路、浅い湿地を好み、水面付近を群れて泳ぎます。岸辺や水中の植物などに卵を絡み付けて繁殖することから、植物が豊富に存在することは必須です。しかし近年ではそのような環境が失われたこと、また、特定外来生物カダヤシとの競合により、全国的に見かけることが少なくなりました。環境省のレッドリストでは絶滅危惧II類に選定されています。狭義の秋月地域では絶滅しました。
なお、かつてメダカとされていた種は、近年、遺伝的な解析から、ミナミメダカとキタノメダカ（福井県から青森県にかけての本州日本海側）に分類されました。九州にもともといる種類はすべてミナミメダカです。
