縞模様や斑点模様が美しい、河川に生息するドジョウの仲間です。アリアケスジシマドジョウと比べて、より粗い砂底の流れのある環境に生息します。「ヤマト」の名前がついていますが、全国的に分布するわけではなく、九州と山口県西部に限られます。本種もアリアケスジシマドジョウほどではありませんが、環境の変化により減っています。筑後川流域では中流域の砂底の環境では比較的普通にみられます。
よく似た種類の多いシマドジョウ類ですが、本種は尾鰭付け根の黒点が上下ともに濃く目立つこと、口髭が眼径よりも長いこと、オスの胸鰭の付け根にある骨質盤という骨が円形であることなどで、九州に生息する他のシマドジョウ類と区別することができます。
