地域の名前「有明」の文字を冠した貴重な魚です。中下流域の砂や泥の溜まった場所に生息していますが、河川の護岸化や直線化などの環境変化により、数が減っています。筑後川流域では広く分布しますが、その中での生息地はきわめて限られており、またその生息する環境も減っています。秋月周辺では、小石原川に多少分布しますが数はやはり少ないです。
ヤマトシマドジョウによく似ていますが、もっとも大きな違いは尾びれ基部の模様です。アリアケスジシマドジョウは黒い斑点のうち下の斑点が消失するか薄いです。ヤマトシマドジョウははっきり2つの斑点が現れます。とはいえ、判別が難しいことも多いです。この他、アリアケスジシマドジョウの方が口髭が短いこと、尾鰭の縞模様がきれいに並ぶこと（ヤマトシマドジョウではやや乱れる）などで区別できます。また、生息する環境も異なっており、ヤマトシマドジョウは流れのある砂底を好みます。
